Efter en tur i Thailand så vender Agent 47 snuden mod USA, nærmere bestemt Colorado. I missionen “Freedom Fighters” skal han infiltrere en gård der bliver brugt af en paramilitær organisation til træning. Du får til opgave at eliminere Sean Rose, Maya Parvati, Ezra Berg og Penelope Graves. Fire meget forskellige personer med hver deres speciale fra miljø terrorisme til kemiske forhørsmetoder. Der bygges mere histore op til en finale afslutning senere på året i Japan.