Deus Ex: Mankind Divided – A Criminal Past giver et yderligere indblik i baggrundshistorien i Deus Ex universet. Denne gang følger vi Adam Jensen på hans første mission for TF29. Handlingen ligger dermed før historien i Deus Ex: Mankind Divided. Jensen bliver overført til et topsikret fængsel for kriminelle som har mekaniske forbedringer – altså er augmenterede.Det bliver ikke en let opgave der kræver den mørke side af Jensen.